César Yáñez se incorpora al equipo del secretario de Gobernación, Adán Augusto López, como subsecretario de Desarrollo Democrático Participación Social y Asuntos Religiosos, en sustitución de Rabindranath Salazar.
En 1997 se vinculó con el ahora presidente de la República cuando ambos militaban en el Partido de la Revolución Democrática y por más de medio sexenio, Yáñez estuvo al frente de la Coordinación General de Política y Gobierno de la Presidencia de la República, oficina encargada de la comunicación con las dependencias y áreas de la administración pública y Atención Ciudadana.
En el año 2000, cuando Andrés Manuel López Obrador llegó a la jefatura de gobierno de la Ciudad de México, César Yáñez fue nombrado como su vocero.
